Pesantren Fahmina didirikan dengan tujuan: [1] membentuk kepribadian mahasantriwa (mahasiswamahasantri) yang berakhlak mulia, berpikir kritis-transformatif, berjiwa nasionalis, bersikap adil dan toleran, serta berperilaku manusiawi dan profetis; [2] menyediakan ruang dan iklim akademis yang kondusif untuk pendalaman ilmu-ilmu keislaman klasik dan modern, ilmu-ilmu sosial dan budaya, terutama pada aspek metodologi untuk transformasi sosial yang berkeadilan dan bermartabat; [3] menyebarluaskan ilmu pengetahuan dan kebijaksanaan untuk terciptanya perdamaian, keadilan, kebahagiaan, dan kerahmatan bagi semesta.

Adapun profil lulusan dari Pesantren “fahmina” adalah “menjadi cendekiawan muslim transformatif pelopor keadilan dan perdamaian” Peserta pendidikan pesantren ini disebut mahasantriwa (sebutan lain dari status mahasantrimahasiswa). Mahasantriwa ini adalah mahasiswa-mahasiswi ISIF yang tinggal di dan mengikuti secara aktif seluruh proses Pesantren “fahmina”. Setiap tahun pesantren ini hanya menerima maksimal 20 santri, laki-laki dan perempuan. Dalam program pendidikan 4 tahun, Pesantren ini akan memiliki 80 mahasantriwa yang tinggal di Pondok Pesantren.